１９５６年（昭和３１年）春、水俣市の漁村、月浦地区に住む５歳の女児に、手足の運動障害、言語障害、歩行障害などの症状が現れ、チッソの付属病院に入院した。
同時期に、３歳の妹、隣家の女児も同様の症状で発病していることがわかり、医師たちは、同年５月１日、水俣保健所に届け出を行った。
この日が、水俣病正式発見の日である。
現在、５月１日は「水俣デー」ということで、水俣では様々な行事を行っている。
水俣病はたくさんの小児の患者の発病によって発見された。
このことは、環境汚染によって人の健康に被害がでる場合に、最初にその被害を受けるのは、その地域の子供や、老人、胎児や病人など、生理的に弱い人々であることを示している。

発見後、医師会、市立病院、チッソ付属病院、保健所などが協力して、ただちに原因究明に乗り出した。
そして、患者は、これより以前１９５４年（昭和２９年）にはすでに発生しており、小児だけでなく成人も発病していることが明らかになった。
また、第一号の患者の家は海の近くにあって、海とは切っても切れないような生活のつながりを持っていた。
それは、環境汚染による被害は、自然の中で、自然と共に生きている人たちが最初に受けることを物語っている。
原因究明のために、同年（１９５６年）８月、熊本大学医学部に研究班が組織された。
その結果、新しい事実がいくつか明らかになった。

・患者は水俣湾沿岸の農漁村地区に限って発生、漁家が多く、年齢、性別とは無関係。

・伝染性の傾向はなかったこと。

・患者は水俣湾産の魚介類を多食、漁獲の変動と患者の発生と関係があること、など。

汚染による中毒であるとすれば、水俣湾には当時日本で有数の化学工場であったチッソ水俣工場の廃水口が注がれていた。
廃水口からはたくさんの廃水が流されていた。
当時、漁師たちはわざわざ廃水路のところに船をつないだ。
船に舟虫（貝やフジツボなど）がつかないということであったが、これは水銀の消毒液につけておくようなものであった。
廃水の中の何が原因物質か。
じつは原因究明の一番近いところにいたのが工場内の化学者、技術者であった。もし、このとき化学者や技術者が原因究明のために協力していたら、水俣病の歴史は変わっていたかもしれない。
そして、協力することが会社の利益にもなったはずである。
隠そうとしたことが、かえって被害を膨大なものにしていったのである。

熊本大学医学部は工場内に関してはまったくの素人であった。
外堀からせめていくようなまわりくどい調査と研究を重ね、一つ一つ検証していき、ようやくイギリスでメチル水銀を使っている農薬工場の労働者たちが中毒になったという１９４０年の報告と水俣病の症状や病理所見と一致することを見出した。
結局、こうして原因物質を特定するのに、３年かかった。
この３年の間に被害は拡大していった。
１９５９年（昭和３４年）、水俣病の原因は有機水銀中毒であるとの報告書を厚生省に提出した熊本大学医学部の研究班は、翌日解散させられる。
解散させられた名目は、「このような重大な問題は国家的問題であるので、国家レベルで研究班を再編する」というものであったが、結局編成された研究班は何もしないで解散している。

１９５４年（昭和３１年）に水俣病が発見され、１９５９年（昭和３４年）に原因が究明された。
究明されると患者は減っていった。
１９６０年（昭和３５年）水俣病は終わったかのようにみえた。
しかし実は、急性の劇症の患者の発生がなくなったということでしかなかった。
急性劇症患者が減ったのは、チッソが何らかの安全対策を行ったからではない。
魚介類が危ないと聞いて、住民や漁民が水俣近海の魚介類を食べなかったから、減ったのである。
新潟で、第二の水俣病が起こり、頭髪水銀値の測定を行い、新たな患者が見つかったことから、水俣病が慢性的に進行することが分かった。
水俣でもずっと頭髪水銀値や健康の追跡調査を行っていれば、汚染が持続していたことも患者がまだ出ていたこともわかったはずである。

１９６８年（昭和４３年）厚生省は水俣病を正式に公害病と認定した。
発見されてから１２年、原因が明らかになってから９年もたった遅い認定であった。
これを契機に今まで沈黙していた患者が、当時の公害反対運動の風を受けて、行動を起こし始めた。
訴訟である。
一次から三次訴訟まで原告は２０００人を超えた。
結局、この訴訟の解決には２７年もの歳月を要し、１９９６年（平成８年）、最終的に和解調停で決着をみるのである。
しかし、これは解決したというものではなく一つの新しい時代がきたということだろう。

水俣病の責任は大きく３つあげられる。

◆発生責任

まず、発生を防止する責任があった。

◆被害の拡大責任

発生した後、ただちに被害を最小限に食い止める責任があった。

◆その救済責任

できるだけ迅速にかつ十分な救済をする責任が加害者にはあった。

昨年の和解では一応の救済の対象となった患者数は１４,０００人を超える。
これらの患者の大部分はメチル水銀の影響を受けたものと考えられるが、和解案では明快に水俣病と断定していない。
これは医学的に「最もミニマムな水俣病とは何か」という問題が、「どこまで補償金を払うか」という問題にすり替えられたからである。
行政の責任も曖昧なままである。
こうして延々２０年以上に続けられた裁判が、このような形で結論をみいださなければならないことは非常に不幸なことであろう。

水俣病は環境汚染により食物連鎖を通して起きた。
人間が自然に対して、畏敬の念を失い、ごう慢になったとき、水俣病が起こった。
また、食物連鎖を通じて起こったこのような病気の発見は世界で最初であった。
ゆえに水俣病は公害病の原点といわれるのである。
世界中に衝撃を与え、このように大規模かつ重大な被害を及ぼし、これほどメカニズムが明らかになった公害病は、水俣病の前にはなかった。
水俣病は、私たちにいろいろな教訓を与えている。
水銀中毒だけでなく、他の化学物質にもこのメカニズムはあてはまるであろう。
また水俣病の特徴は、それが胎児にまで及んだということである。
人工的なものとか、自然界に稀にしか存在しない化学物質に対して生体は無防備である。
もともと自然界の中にあったものに対しては、生物の長い歴史の中で生命体の維持という機能を獲得してきたが、何万年もの生物の歴史のなかで、人間がこれほど多種の化学物質をつくりだしたのは、まだここ１００年たらずである。
たしかにこの１００年の間に私たちの生活は便利になったし、豊かにもなった。
しかし、その一方で、何万年の生物の歴史を無視するような、化学物質という異物が体内に入ってきたときに、どう処理していいのか遺伝子は分からないのである。
化学物質に対して生体がどのような影響を被るのかわからないということを胎児性水俣病は教えている。
水俣病の発生後もＰＣＢ、ダイオキシン、サリドマイド等、胎児の大量障害は繰り返し起きているが、いみじくも水俣病はこれらのことを暗示していたのである。